В октябре 1924 года, согласно Протоколу №1 заседания комиссии по организации клуба Санпросвета Енисейского губернского отдела здравоохранения от 22 октября 1924 года, в бывшей архиерейской церкви организован Клуб санитарного просвещения. 5 ноября 1924 года он получил название «Дом санитарного просвещения».
Первоначально Дом Санитарного просвещения был, по сути, клубом. Согласно протоколу №3 заседания Правления Дома санитарного просвещения от 19.12.1924 года в нем были организованы кружки: политграмоты, профдвижения, музыкальный кружок, производственный, хоровой, драматический, физкультуры. Силами драмкружка ставились санпьесы и агитсуды. Работала единая библиотека-читальня.
Дом санитарного просвещения занимался, в основном, просвещением населения о социальных и заразных болезнях.
При Доме Санпросвета работала постоянная выставка, включающая 320 графических экспонатов, состоящая из отделов: анатомо-физиологический, заразные болезни, социальные болезни, небольшой отдел труда и здоровья, охраны материнства и младенчества.
Выходила стенная двухнедельная газета «Профилактик», в которой освещались вопросы профилактической медицины и другие.
В 1926 году, согласно Выписке из приказа №53 Красноярского окружного отдела здравоохранения от 24 июня 1926 года, Дом санитарного просвещения закрылся.
Согласно приказу №1 от 1 октября 1929 года Дом санитарного просвещения был заново открыт в октябре 1929 года.
Приказом горздрава №118 от 15 августа 1934 года заведующим Дома санкультуры назначен врач Сергеев Николай Васильевич, под руководством которого санитарно-просветительская работа в Красноярском крае поднялась на новый уровень. В это же время Дом санитарного просвещения стал Домом санитарной культуры.
В Великую отечественную войну в Красноярском крае Дом санитарной культуры по-прежнему возглавлял врач Сергеев плюс он исполнял обязанности краевого инспектора по санпросвету – руководил всей системой санпросвета, которую сам и выстроил к 1942 году.
После войны главной установкой санитарно-просветительной работы было содействие средствами агитации ликвидации санитарных последствий войны.
В соответствии с приказом №131 по Краевому отделу здравоохранения от 17 мая 1951 года Дом Санкультуры вновь переименовывается в дом Санпросвета.
В соответствии с приказом ГУ Здравоохранения крайисполкома №611 от 17.11.89 с 1 декабря 1989 года служба санитарного просвещения в Красноярском крае реорганизована в службу формирования здорового образа жизни, а Краевой Дом санитарного просвещения переименован в краевой медицинский Центр здоровья. Главным врачом назначался В.П. Енин.
В 1991 году на основании приказа по ГУ здравоохранения Красноярского края №74-орг от 28 мая 1991 г. Краевой медицинский центр здоровья реорганизован, отделение профилактики здорового образа жизни Центра передано в Краевой врачебно-физкультурный диспансер. Заведующей отделением была Кваскова Лилия Ильинична.
В целях выполнения приказа ГУЗ №98-л от 7.05.93 г., приказом №20 от 11.05.93 Краевого врачебно-физкультурного диспансера отделение №4 «Центр здоровья и пропаганды ЗОШ» закрывалось, а должности этого отделения исключались из штатного расписания диспансера.
В соответствии с приказом по управлению здравоохранения администрации Красноярского края №88-л от 19.03.1996 в марте 1996 года создан Красноярский краевой Центр медицинской профилактики. Главным врачом Центра профилактики была назначена Шабунина Александра Михайловна. Центр профилактики располагался в здании управления здравоохранения администрации Красноярского края (на ул. Вейнбаума, 26), в центре работали три человека: главный врач и два методиста.
В ноябре 1997 года на должность главного врача центра была назначена Кутумова Ольга Юрьевна, которая возглавляет его по настоящее время.
В апреле 1998 года при управлении здравоохранения создан Межведомственный координационный совет по вопросам медицинской профилактики, гигиеническому обучению и воспитанию населения.
В 1999 году проведен первый в Сибирском регионе цикл постдипломной подготовки врачей отделений и кабинетов медицинской профилактики по вопросам организации профилактики ХНИЗ в медицинских учреждениях с выдачей сертификатов по специальности «Гигиеническое воспитание».
26 ноября 1999 года на селекторном совещании, проводимом первым зам.министра Г.Г. Онищенко, Красноярский краевой центр медицинской профилактики отмечен, как один из лучших в РФ.
По итогам работы за 2003 год Центр был признан Минздравом одним из лучших в России Центров медицинской профилактики.
С апреля 2006 г. Центр занимает 5 кабинетов в офисном здании по ул. Парижской Коммуны 33.
В 2008 году прошла первая краевая конференция «Профилактика, как приоритетное направление в реализации государственных и региональных программ и проектов».
В 2009 году прошла 1 краевая конференция в рамках Конгресса «Человек и лекарство» «Новые направления в профилактике хронических неинфекционных заболеваний и роль средних медицинских работников».
1 декабря 2009 г. в Красноярском крае начата деятельность 10 центров здоровья.
С апреля 2010 по 2012 год реализована программа по ведению полного запрета на курение в учреждениях здравоохранения края «Сибирский вариант» (единственная программа в России). Консультативно-методическое руководство оказывал Международный союз по борьбе с туберкулезом и заболеваниями легких.
В 2013 году в крае созданы мобильные центры здоровья.
В 2013 году Центр занимался продвижением регионального закона Красноярского края «Об охране населения края от воздействия окружающего табачного дыма и последствий потребления табака», был создан региональный механизм межведомственного и общественного контроля за исполнением антитабачного федерального закона.
В марте 2016 года прошла реорганизация Красноярского краевого Центра медицинской профилактики: штат Центра расширился до шести отделов. В настоящее время в Красноярском крае функционируют 32 отделения и 36 кабинетов медицинской профилактики, 15 центров здоровья.